Рила е важен хидроложки възел за страната с изключително голям хидроенергиен потенциал, представляващ около 1/4 от целия потенциал на страната.

Планината попада в хидроложката област с континентално климатично влияние, планинска подобласт. По северните ѝ склонове и връх Мусала минава главният вододел, разделящ двата отточни басейна – Черноморския и Беломорския (Егейски). Водните запаси, които се формират в границите на планината са най-важният ресурс на чиста питейна вода за околните селища, София, част от населението на Северна Гърция и европейската част на Турция. Районът на населените места, разположени по западните склонове на Рила планина разполага с голям излишък от вода, тъй като оттокът надвишава потреблението около 8 пъти.[ Режимът на рилските реки е в пряка връзка с надморската височина и около половината от водните запаси в планината се намират на височина над 2050 m.